Церковь находится в Праге, на Староместской площади, и, хотя она не так велика и роскошна, как собор св. Николая в Малой Стране, все равно числиться в списке мест, которые любят посещать гости и жители Чехии.

Первое упоминание о костеле датируется 1069 годом. В то время, на месте храма св. Николая был романский костел. Здесь тогда была Куриная площадь, место, где продавали кур.

После, через двести лет, в 1273 году тут уже появилась обычная церковь. Здесь, выступал со своими проповедями чешский проповедник Ян Милич. Он обладал уникальным даром убеждения, об этом даже ходили легенды. Была такая история, что якобы он смог силой слова убедить девиц публичного дома стать на путь истинный. Они тогда все свое имущество распродали, а деньги, что выручили от продажи, вложили в строительство монастыря и стали его монашками.

Позднее, в XVII веке, церковь перешла к бенедиктинцам. В скором времени тут случился пожар и здание сгорело. В 1732 году новую церковь спроектировал известный на то время чешский архитектор, Килиан Игнац Динценхофер. Строительство выполнялось в стиле барокко и продолжалось около трех лет. Семейство Динценгоферов, отец и сын, два талантливые архитекторы, сделали очень много для развития стиля барокко в Чехии.

У новой церкви было богатое внутреннее убранство. Там появился новый орган с витражами, на которых были изображены святые, Николай и Вацлав. Еще были фигурки ангелов, в руках которых находились музыкальные инструменты. Когда начинал звучать орган, то казалось, что играет весь небесный оркестр.

В годы эпохи Просвещения, император Иосиф II, воспитанный в духе времени, пришел к выводу, что от бенедиктинцев нет никакой пользы. В конце XVIII века они были выставлены из церкви. Помещение храма стали использовать как склад. Естественно, здание пришло в упадок и даже было закрыто. Некоторые части внутреннего убранства церкви были распроданы. Какое-то время церковь пустовала, затем, в период наполеоновской кампании, здесь хранили зерно. Позднее храм превратился в архив. А в 1865 году, переоборудовав помещение, в храме устраивали концерты.

И только в 1871 году храм начинают вновь использовать по назначению, он становится Русской 

По прошению Графа Кутузова, Михаила Илларионовича, в 1871 году был составлен договор аренды. Так костел Св. Николая перешел к русскому православию. В России эта новость очень многим пришлась по душе. На украшение храма и его восстановление было собрано немало средств. Почти сразу в Прагу направили московские колокола и другие элементы для оформления, подчеркивающие православную веру. А самим императором, Александром II в дар собору была отправлена огромная люстра из хрусталя. Форма люстры напоминает корону Российской империи, этот шедевр мастерства и сегодня украшает интерьер храма.

Теперь костел св. Николая перевоплотился в главный храм православного прихода. Тогда от прежнего убранства костела, что в Старом Граде почти ничего не осталось. Был только алтарь, который выполнен из искусственного камня и стоял по центру. В 1874 г. 4 (16) августа произошло торжественное освящение церкви святого Николая.

Во времена Первой Республики, в начале XX века, русские эмигранты очень часто посещали храм. Благодаря Томашу Гарригу Массарику, чешскому общественному деятелю и впоследствии ставшему президентом республики, в Чехию прибыло много русских, которые не приветствовали новую жизнь России.

После Второй мировой советские власти закрыли церковь. Они были категорически против того, чтобы в Чехословацкой социалистической республике было здание, что поддерживало русских эмигрантов, которые недовольны советской властью.

Храм святого Николая пережил очень много событий. Хотя долгое время и был православной церковью сегодня он принадлежит гуситской церкви и является ее главным храмом. Здесь разрешено, с 1997 года, проводить по большим праздникам православные богослужения для русских.